In vista della prossima scadenza dei progetti PRIN, nel cui bando si menziona l’intendimento a incoraggiare il ricorso alle infrastrutture di ricerca, il nodo Italiano dell’Infrastruttura ELIXIR per le Scienze della Vita, garantisce l’accesso ad un vasto portafoglio di servizi che includono l’accesso alle piattaforma di “Integrative Omics” e a quella ICT per la Bioinformatica, recentemente in fase di potenziamento attraverso il progetto PON-MUR PIR01_00017 (CNRBiOmics – Centro Nazionale di Ricerca in Bioinformatica per le scienze “Omiche”) che include strumentazioni avanzate per:

• la produzione di dati genomici con l’ausilio delle piattaforme Illumina Novaseq 6000, PacBio Sequel 2, GridION Nanopore, Bionano Genomics Saphyr System, 10X Genomics;
• la produzione di dati proteomici e metabolomici con la strumentazione Orbitrap Fusion, Sistema HPLC-MS a trappola ionica lineare – LTQ XL, Sistema cromatografico a nano/micro-flussi accoppiato a spettrometro di massa ad alta risoluzione – nanoLC-hrMS );
• un’avanzata struttura computazionale (>10K core, >15 Pb) dedicata allo storage (anche a lungo termine) e dotata di un ambiente software con una serie di strumenti bioinformatici allo stato dell’arte.

E’ stata approntata la seguente frase da inserire nel testo del progetto, personalizzabile nella parte in grassetto, a seconda delle esigenze da inserire nella sezione B.1.3: Articolazione del progetto, con individuazione del ruolo delle singole unità operative, e relative modalità di integrazione e collaborazione.

This project will leverage the ….. (omics and/or computational) facilities provided by the Italian Node of ELIXIR (ELIXIR-IT), the European Research Infrastructure for Life Science, including the advanced equipment acquired by the CNRBiOmics infrastructural project (PIR01_00017) for carrying out … (omics data production and bioinformatics analysis). The data produced, the results of their analysis and the employed analytical workflows will be timely made Open Access, in compliance with Open Science principles, through suitable national and international repositories identified or made available by ELIXIR and ELIXIR-IT following all the applicable best practices for their FAIRification. 

Informazioni utili su alcuni dei servizi della piattaforma genomica, potenziata dal progetto CNRBiOmics, con la definizione dei costi stimati di utilizzo, sono disponibili al link.

Coloro che intendessero menzionare nel progetto la possibilità di utilizzare l’infrastruttura ELIXIR sono invitati ad inviare una nota con il testo che si intende inserire (al momento della sottomissione del progetto) al prof. Graziano Pesole (graziano.pesole@uniba.it; Coordinatore di ELIXIR Italy) e alla dott.ssa Elisabetta Sbisà (elisabetta.sbisa@ba.itb.cnr.it; coordinatore del progetto CNRBiOmics). Per informazioni sui servizi fruibili potete contattare la dr.ssa Apollonia Tullo (a.tullo@ibiom.cnr.it; coordinatrice della piattaforma di Genomica), la prof.ssa Anna Maria D’Erchia (annamaria.derchia@uniba.it; referente per il single cell omics), la prof.ssa Carmela Gissi (carmela.gissi@uniba.it; referente per Hifi long reads-PacBio) e/o il dott. Giacinto Donvito ( giacinto.donvito@ba.infn.it; coordinatore della piattaforma Compute di ELIXIR-Italy).

Segnaliamo che in questa fase non è necessario produrre preventivi di spesa puntuali, in quanto potrebbero subire cambiamenti significativi qualora il servizio si rendesse necessario a seguito dell’approvazione del progetto. È importante tuttavia valorizzare la voce “costi per uso di infrastrutture” (Voce D: costo dei servizi di consulenza e simili) con un importo che potrebbe essere anche stimato sulla base di richieste già rivolte a provider commerciali.