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HPC@CINECA


HPC@CINECA è un progetto pilota volto a supportare la ricerca bioinformatica in Italia. L’iniziativa consiste in una Call che offre a ricercatori italiani ed europei la possibilità di accedere ed utilizzare la piattaforma per la bioinformatica Pico e le pipeline NGS del CINECA.  L’assegnazione delle risorse avviene con una policy “first come, first served” e la … Continua a leggere HPC@CINECA

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Assist


Assist è uno strumento per il filtraggio efficiente di marcatori SNP basato Illumina Infinium/BeadExpress che permette l’analisi di diversi tipi di popolazione sperimentale, cross pollinated (CP-F1), back cross (BC), F2 e collezioni di individui non imparentati (germoplasma). I risultati possono essere esportati in diversi formati e, pertanto, possono essere passati direttamente software di analisi di … Continua a leggere Assist

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Vespucci


VESPUCCI è un portale web basato sulla tecnologia Colombos per l’esplorazione e l’analisi di uno specifico cross-platform compendium di Vitis vinifera. Questo compendio è stato accuratamente costruito attraverso la raccolta, omogeneizzazione e l’annotazione formale basata sugli esperimenti di pubblico dominio di microarray e RNA-seq da Gene Expression Omnibus (GEO) e ArrayExpress.

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MICCA


MICCA: è un software open source per la profilazione tassonomica dei dati metagenomici.     Per maggiori informazioni si può visitare la pagina MICCA.   Link PubMed

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Phospho3D


Phospho3D is a database of three-dimensional structures of phosphorylation sites which stores information retrieved from the Phospho.ELM database and which is enriched with structural information and annotations at the residue level. The database also collects the results of a large-scale structural comparison procedure providing clues for the identification of new putative phosphorylation sites. Phospho3D 2.0 … Continua a leggere Phospho3D

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Superpose3D


Superpose3D is a software for local structural comparison. It runs on Windows, Mac OSX and Linux and is released under the open source GPL license. Superpose3D was developed by Pier Federico Gherardini and Gabriele Ausiello. Protein structures, similarly to sequences, can be compared either globally, to reveal distant evolutionary relationships, or locally, to highlight similarities … Continua a leggere Superpose3D

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PEPSPOTDB


PepspotDB has been specifically designed to facilitate the storage and analysis of molecular interaction assays exploiting peptide array technology. PepspotDB is a resource for the storage, analysis and retrieval of peptide chip data.

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DIGIT


A database of immunoglobulin variable domain sequences and related search and modelling tools

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FIDEA 1.1


A web server designed to facilitate the functional interpretation of differential expression analysis. It is aimed at allowing experimentalists to “play with” their RNA-Seq data in an easy and at the same time exhaustive fashion within a single tool.

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