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iMir


iMir è una pipiline modulare per l’analisi esaustiva di dati di RNASeq, comprendente tools specifici per il filtraggio qualitativo, l’analisi di espressione, la predizione di target biologici e altre opzioni utili all’integrazione automatica di moduli oper source. Riferimento: Giurato et al, 2013

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Galactosemia Proteins Database


Il Galactosemia Proteins Database è un progetto nato dalla collaborazione tra ISA-CNR e UniSA. Il database contiene una serie di informazioni riguardanti le caratteristiche strutturali di tre enzimi coinvolti nel metabolismo del galattosio. Le informazioni sono disponibili publicamente. Riferimenti: d’Acierno et al., 2017 D’Acierno et al., 2014 D’Acierno et al., 2009 Marabotti et al., 2010 … Continua a leggere Galactosemia Proteins Database

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CONDOP


CONDOP è un pacchetto R per la predizione degli operoni dipendenti dalle condizioni. E’ un tool R che identifica gli operoni espressi tramite i loro profili di trascrizione RNASeq utilizzando un classificatore basato su Random Forest. Riferimento: Fortino et al., 2014

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MVDA


MVDA è un pacchetto R per l’integrazione di dati genomici muti-view. E’ un tool in R che combina diversi tipi di esperimenti (come ad esempio il livello di espressione dell’mRNA, dei miRNA, valori di metilazione di DNA, dati clinici, ecc) per un dato insieme di campioni (ad esempio pazienti). Lo scopo è quello di combinare … Continua a leggere MVDA

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MVBioDataSim


MVBioDataSim è un pacchetto R per la simulazione di dati genomici multi-vew (livelli di espressione di geni e miRNA). Il tool genera dataset sintetici a partire da sistemi di equazioni differenziali parametrici. Riferiment0: Fratello et al., 2015

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ConsRank


ConsRank è un webservice per l’analisi, il confronto e il ranking di “docking models” basati su contatti inter-residuali. CONSRANK (CONSensus-RANKing) che permette analisi semplici ed efficaci di tali modelli di tra proteinee e proteine e acidi nucleici complessi, basandosi sulla frequenza dei loro contatti inter-residuali. Riferimento: Chermak et al, 2015

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CoCoMaps


E’ un web service per il calcolo di mappe di contatto di raggi X, NMR e predizione di strutture. COCOMAPS (bioCOmplexes COntact MAPS) permette di analizzare e visualizzare l’interfaccia in complessi biologici (come proteine-proteine, proteine-DNA e proteine RNA) facendo uso delle mappe di contatto intermolecolari. Riferimento: Vangone et al, 2011

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